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科学思想是从探讨宇宙的本原和秩序开始的。气的观念、阴阳观念和五行观念是中国自然哲学中最为基本的几个内容,这些观念是中国古代人民探索自然的成果,孕育了中国古代科学思想。关于宇宙万物存在和变化的原因,西周时期,人们在这方面的认识有两个基本点,“和实生物,同则不继。”“故先王以土与金、木、火、水杂,以成百物”。这种观点是用具体的感性可认识的物质充当了万物的本源,并提出了万物构成的方式。但是随着社会的发展人们认识能力的提高,这种用具体物质形态来说明万物的构成、宇宙的起源遇到理论和逻辑上的困难。到春秋战国时代,关于万物本原的探讨更倾向于寻找一种超越感觉、经验和具体物体的东西来解释大千世界的起源、存在和变化。老子用道作为万物的本原,勾画了大千世界的起源和生成图式“道生一,一生二,二生三,三生万物。”《淮南子·本经训》用气的学说进一步说明万物构成和发生的物质原因,认为“阴阳者承天地之和,形万殊之体,含气化物,以成桴类。”汉代的董仲舒、王充都各自讨论了有关气的思想。“天地之气,合而为一,分为阴阳,判为四时,列为五行”、“夫人所以生者,阴阳也。”元气论至此成为占主流的理论,它不仅讨论了万物之生,而且还探讨了事物的变化,讨论了无形之气与有形之物的相互转化以及有形之物的发生和演化。这种认为宇宙本原是气的生成论,相对于西方占主导地位的构成论(主张变化是不变的要素之结合和分离)而言,更便于建立概念体系的功能模式,适合于由代数描述,而代数形式又易于发展类比推理,于是形成了中国传统科学的功能的、代数的、模型论的特征。而且“元气”这一概念可以用来说明从自然现象、社会关系到人的精神世界的一切,不是一个纯粹反映物质世界的总体性范畴。人们可以运用这不可明言的“元气”,随心所欲地用自然现象来依附、论喻伦理政治,或用人事来类比自然。这种倾向不可避免地导致用玄学的思辨来代替经验的考察,使理论思维本身缺乏严密的逻辑性。
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