目前科研经费管理存在的问题

（一）科研经费预算编制不规范
目前，科研课题，国家财政支出，而预算定额等方面尚未制定预算定额标准的科学体系，研究人员都没有财务人员，预算从某种意义上说，只把科研预算作为争取科研经费的环节之一，前期可行性调查不到位，不进行足够的调研和科学的测算，预算内容是不全面的，而且根据以往的经验估计，以填补在预算中列出的数据，缺乏前瞻性，合理性和规范性要求。
（二）缺乏全面准确的成本核算
教学和从不同的资金的资金来源，在使用时，根据包括在他们的成本的规定，但在实践中，通常难以既严格和准确的成本会计研究经费。研究人员大多是大学的教学，教学科研紧密相连，常常被用于研究实验的实验教材，用于实验教学的材料经常被用于科研项目的实验，例如，教学用固定资产用于科研的使用费，从事科研使用的水电费等支出不计入科研成本，而是全部在教育事业费中列支；科研人员的超比例提取津贴、酬金；在报销费用时，发票中所列的明细项目与实际支出情况不符；在人工费的开支上，虚构人员或假借学生身份套取助研补贴，使项目成本核算难以实现实事求是的原则。高校科研项目的成本只是部分地从科研经费中得到补偿，科研成本严重的挤占、挪用了学校的教育事业经费。
（三）内部管理和监督机制不完善。
大学的研究资金的管理普遍，监督机制不健全，专项审计形式的科研经费，支出不合理，甚至不合法调账。一些研究人员，以避免支付的管理费，会争取横向下属单位的科研经费外，避免办学经费的监督;一些看似覆盖黄金，用大量与实际不符的法案报销，如接待，交通费等;没有多少项目结结账，负责在相当长的时间有些人还继续这个项目的成本，盈余资金的管理不善完成后使用支付平衡项目的研究经费。因此，科研经费管理的高校科研经费管理不善的普遍问题，探索途径和手段，提高科研水平的有效性已经保证了重点科研的质量。只有加强以使用合理分配科研经费的管理，充分发挥现有的科研经费的有效性。