我国现行耕地保护法律制度的缺陷

首先，土地用途管制方面的缺陷。对土地用途进行管理的部门涉及国土资源、林业、农业等多个机构，形成多头管理；土地管理的部门作为国有土地的使用权人，导致监督制约不力。此外，即便《土地管理法》对建设用地的审批程序做出了较为详细的具体规定，但是由于实际操作中执行不力，“先建设、后审批”等违反用地情况再少数地区仍然存在。

其次，土地开发、整理、复垦方面的缺陷。土地开发、整理、复垦的力度不够，复垦和整理的土地质量较差，相关项目的资金渠道不够畅通，甚至在复垦过程中破坏生态环境、适得其反的情形亦时有发生。国土资源管理部门作为是对土地资源进行管理的核心部门，其管理的内容包括了审批、组织实施、验收以及监督等各个环节，导致对国土资源工作缺乏监督，违法占用耕地情况时有发生，甚至产生许多国土资源部门工作人员贪污受贿的腐败案件。比如，甘肃省国土资源厅副厅长张国华利用职务便利大肆受贿428万元，并仍有973万元不能说明合法来源，2012年6月，被法院数罪并罚判处无期徒刑。
再次，耕地占补平衡制度方面的缺陷。在耕地占补制度的实施中，存在质量不平衡、“占优补劣”等缺陷，耕地的总体面积倒是得到了相应控制，却导致耕地总体质量的下降，制度的实施没有收到预计效果。其原因主要是当前我国尚未建立科学、系统的耕地质量评估体系，对占补的耕地质量未进行科学的评估。

最后，我国基本农田保护制度体系存在着管理机制不完善、保护规划过于僵化、法规不健全等缺陷；在耕地的刑事保护方面，对破坏耕地违等法行为的量刑过轻，失去了刑事保护应有的价值功用。