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对于如何看待"阴阳五行"学说的存废,谭氏认为阴阳五行学说,"有部分为迷信哲学,一部分则为症状、药性及其他的代名,所谓名同而实异也"进行学术整理时应注意到"阴阳五行"的两面性,"属迷信哲学者,可以弗论;夫症状与药性亦即所谓经验也,整理中医苟由此则易如反掌,不由此则难于上天",绝不可以因为该学说带有迷信色彩的部分而将其在整个中医学术体系中的地位而一笔勾销。
对于经验整理与实验研究的关系,谭氏认为:首先二者都是进行医学研究的重要途径,且相互关联。"仙鹤草之止肺出血,当归之调经等,皆已久知其效用于中医千百年前,乃为实验所证明确实于今日者,此即经验多与实验相近之例"。此外,"经验有助于实验,实足以唤起其注意",并举西方学者借鉴中医经验研究从麻黄生品中提炼定喘药"阿飞特灵"的实例佐证之。对于实验结果与中医用药经验不符的情况,谭氏认为:"经验的确当与错误必要从集体的经验方能证实,经验之确证与否,不能仅恃实验确证之,若要确证经验上药效的虚实,仍要从数字上证明,即临床的统计是也,夫临床统计药效,谓之实验也可,谓之集体的经验亦无不可。
对于中药研究的途径,谭氏认为动物实验及有效成分的提取、分析并非最佳方式,因为从以往的研究经验看:①中药载入药典者较少,"未经科学所发者尚多"。②习用之中药大概和平,动物实验困难。③对药物成分的药效分析,所得之结果,"每不能与中医界向所认识的药效相符"。他认为在对中药的作用机制尚不十分明确地时候,特别是实验研究结果每每与长期以来的用药经验相左的情况下,"暂不能不以经验为重心者势也,然吾决非谓经验所得,遂确切不疑绝无错误也,尤非谓经验可舍实验也。不过实验者学理,经验者事实,二者未能一致时,则暂舍学理而从事实也。"
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